Trong quá trình hình thành và phát triển, trải qua các thời kỳ lịch sử, địa danh, địa dư hành chính của xã Lý Bôn ngày nay có nhiều biến đổi:

Theo Đại Nam nhất thống chí, vào thời cổ đại, vùng đất Lý Bôn cùng với các xứ khác của tỉnh Cao Bằng ngày nay “đời Hùng Vương xưa là bộ Vũ Định, đời Tần thuộc Tượng Quận, đời Hán thuộc quận Giao Chỉ”[1].

Dưới thời Lý - Trần (1009-1400), các đơn vị hành chính có sự thay đổi. Cuối năm 1010, nhà Lý cho đổi 10 đạo thời Đinh - Tiền Lê là 24 lộ, châu Hoan, châu Ái đặt làm trại. Đến thời Lý Nhân Tông, cả nước chia làm 24 phủ - lộ, dưới phủ - lộ là huyện và hương. Tuỳ theo địa bàn miền núi hay miền xuôi mà tên gọi đơn vị hành chính khác nhau. Phần lớn các địa phương đồng bằng gọi là lộ hay phủ, còn ở miền núi gọi là châu hoặc đạo. Theo Đại Nam nhất thống chí, Cao Bằng “từ thời Lý là đất Thái Nguyên”[2]. Đến thời thuộc Minh, địa bàn Lý Bôn cùng với các địa bàn khác trong tỉnh Cao Bằng ngày nay thuộc về phủ Lạng Sơn.

Đầu thời Lê sơ (1428-1527), cả nước được chia thành 5 đạo: Đông đạo, Tây đạo, Nam đạo, Bắc đạo và Hải Tây đạo. Vùng đất Lý Bôn ngày nay thuộc về Tây đạo. Năm 1466, vua Lê Thánh Tông chia cả nước thành 12 đạo thừa tuyên, vùng đất Bảo Lâm trong đó có xã Lý Bôn ngày nay thuộc Tuyên Quang thừa tuyên. Năm Quang thuận thứ 10 thời Lê Thánh Tông (1469), vùng đất này thuộc huyện Định Châu, sau này Định Châu đổi thành châu Bảo Lạc.

Đến đầu thời nhà Nguyễn (1802-1884), vùng đất Bảo Lâm trong đó có xã Lý Bôn ngày nay thuộc trấn Tuyên Quang. Khi vua Minh Mệnh đổi các trấn thành tỉnh (1831), vùng đất Lý Bôn thuộc châu Bảo Lạc, tỉnh Tuyên Quang (tỉnh Tuyên Quang gồm 1 phủ, 1 huyện và 5 châu). Năm 1835, vua Minh Mệnh bỏ châu Bảo Lạc, chia vùng đất này thành huyện Vĩnh Điện và huyện Để Định. Cuối thế kỷ XIX, khi châu Bảo Lạc được tái lập, vùng đất Lý Bôn thuộc châu Bảo Lạc, tỉnh Hà Giang.

Dưới các triều đại phong kiến, nền hành chính của Cao Bằng nói chung, Lý Bôn nói riêng chưa ổn định. Bấy giờ, Lý Bôn và toàn tỉnh Cao Bằng ngày nay là vùng đất của các tù trưởng dân tộc thiểu số. Họ lấy “châu” làm lãnh thổ riêng (các châu Ki mi), ít phụ thuộc hoặc phụ thuộc lỏng lẻo vào triều đình phong kiến trung ương. Các nhà nước phong kiến sử dụng chính sách “viễn nhu” với vùng đất này để bảo đảm an ninh biên cương và giữ khối đoàn kết dân tộc.

Những năm cuối thế kỷ XIX, đầu thế kỷ XX, tên gọi, địa giới, số lượng các đơn vị hành chính thuộc tỉnh Cao Bằng liên tục thay đổi. Đến năm 1928, xã Lý Bôn nói riêng và vùng đất Bảo Lâm ngày nay nói chung nằm trong 2 tổng Mông Ân và Nam Quang thuộc châu Bảo Lạc. Tổng Nam Quang gồm có 5 xã: Ân Quang, Gia Lạc, Yên Đức, Yên Lạc và Yên Lãng. Lý Bôn là một phần của xã Yên Đức thuộc tổng Nam Quang.

Cách mạng Tháng Tám năm 1945 thành công, xã Lý Bôn là một phần của xã Trung Vân. Đến năm 1946, xã Trung Vân đổi tên thành xã Lý Bôn. Như vậy, địa danh Lý Bôn xuất hiện lần đầu tiên năm 1946, được đặt theo tên của một vị vua - Lý Nam Đế (huý là Lý Bí hoặc Lý Bôn).

Từ đầu những năm 60 của thế kỷ XX, vùng đất Bảo Lâm hiện nay trong đó có xã Lý Bôn thuộc Tiểu khu Tây Nam của huyện Bảo Lạc. Ngày 25-9-2000, Chính phủ ban hành Nghị định số 52/2000/NĐ-CP điều chỉnh địa giới hành chính huyện Bảo Lạc để thành lập huyện Bảo Lâm (Nghị định có hiệu lực từ ngày 10-10-2000). Theo đó, thành lập huyện Bảo Lâm trên cơ sở tách 90.249 ha diện tích tự nhiên và 44.333 nhân khẩu của huyện Bảo Lạc. Huyện Bảo Lâm gồm 10 đơn vị hành chính trực thuộc là các xã: Đức Hạnh, Lý Bôn, Vĩnh Quang, Vĩnh Phong, Nam Quang, Tân Việt, Quảng Lâm, Mông Ân, Thái Học, Yên Thổ. Từ ngày 10-10-2000, xã Lý Bôn chính thức là đơn vị hành chính trực thuộc huyện Bảo Lâm, tỉnh Cao Bằng.

Đến năm 2019, xã Lý Bôn được chia thành 18 xóm: Bản Báng, Khuổi Mản, Khuổi Bon, Phiêng Pẻn, Khuổi Vin, Nà Mấư, Nà Kháng, Nà Mạt, Nà Mỹ, Nà Pồng, Nà Tồng, Pác Pha, Pác Pết, Pác Rà, Phiêng Đăm, Phiêng Lùng, Pác Ruộc, Tổng Ác.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, Hội đồng Nhân dân tỉnh Cao Bằng ban hành Nghị quyết số 27/NQ-HĐND về việc: sáp nhập, đổi tên các xóm, tổ dân phố trên địa bàn tỉnh Cao Bằng

- Giữ nguyên 15 xóm: Bản Báng, Khuổi Bon, Phiêng Pẻn, Khuổi Vin, Nà Mấư, Nà Mạt, Nà Mỹ, Nà Pồng, Nà Tồng, Pác Pha, Pác Rà, Phiêng Đăm, Phiêng Lùng, Pác Ruộc, Tổng Ác.

- Sáp nhập xóm Nà Kháng vào xóm Nà Mạt.

- Sáp nhập xóm Pác Pết vào xóm Phiêng Pẻn.

- Sáp nhập xóm Khuổi Mản vào xóm Tổng Ác.